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Jhonatan tinha vínculo com o América até o fim de janeiro de 2026. Para assegurar a permanência da joia americana, o Alviverde estendeu o contrato do jogador até o final de 2027, prorrogável por mais um ano.
Artilheiro do América no sub-20, Jhonatan Lima marcou 11 gols em 2025. Ele também foi o maior goleador da equipe mineira na Copa do Brasil Sub-20, torneio no qual o Coelho chegou à decisão. Na semifinal, ele fez dois gols nos dois jogos contra o IAPE, time do Maranhão. Na final, o América acabou derrotado pelo São Paulo.
Jhonatan iniciou sua trajetória no futebol nas categorias de base do Palmeiras, em 2023. Um ano depois, transferiu-se para a base americana, onde já soma 42 jogos.
