Após brilhar na base do Palmeiras, Papagaio chegou com status de aposta na Cidade do Galo, em janeiro de 2019. O acordo seria por empréstimo de uma temporada. Em setembro daquele ano, Papagaio rescindiu o contrato com o Atlético e foi emprestado ao Goiás.
Pelo clube alvinegro foram apenas sete jogos, sem nenhum gol marcado. A passagem do atacante ficou marcada por um teste positivo de doping.
Rafael testou positivo para o uso de uma substância diurética proibida pela Agência Mundial Antidoping (WADA). O teste foi realizado pela Conmebol antes do duelo pela semifinal da Copa Sul-Americana. Na oportunidade, o Atlético enfrentou o Colón-ARG.
O jogador cumpriu 14 meses de suspensão. Sem poder frequentar o Palmeiras, detentor dos seus direitos, Papagaio fez trabalhos físicos em academia, orientado por profissionais.
Rafael foi reintegrado ao grupo palmeirense em 2021, mas não foi aproveitado na temporada. O atacante foi emprestado ao Cuiabá, onde jogou por 11 vezes e marcou um gol.
Destaque na Série B
O melhor ano profissional da carreira de Rafael Elias foi em 2022. Emprestado ao Ituano, ele somou 15 gols em 36 partidas no ano. Foram cinco gols pelo Paulistão e outros 10 pela Série B. O bom rendimento fez com que o Baniyas, dos Emirados Árabes Unidos, demonstrasse interesse no atleta.
Papagaio deixou o time do interior paulista e foi emprestado a clube do Oriente Médio. Por lá, foram 20 jogos, com sete gols marcados.
