Ao todo, 20 times chegaram a esta fase (16 avos de final) após avançarem da segunda fase. Outros 12 clubes vão estrear na competição na terceira fase por conta de campanhas em Campeonato Brasileiro, Copa do Nordeste, Copa Verde e Série B da temporada 2024.
São eles: Botafogo, Palmeiras, Bahia, Internacional, Flamengo, São Paulo, Fortaleza e Corinthians (que disputam ou disputaram a Copa Libertadores de 2025 após classificação pelo Brasileirão de 2024); CRB (vice-campeão da Copa do Nordeste de 2024); Paysandu (atual campeão da Copa Verde); Santos (atual campeão da Série B) e Cruzeiro (última vaga pelo Série A de 2024).